Sau khi Việt Nam tuyên bố độc lập, chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa phát động Tuần lễ Vàng, khuyến khích người dân đóng góp cho ngân sách quốc gia nhằm tháo gỡ sự khó khăn tài chính của đất nước.[2] Ông cũng tích cực vận động giáo dân tham gia Tuần lễ Vàng ủng hộ cho chính phủ. Bản thân ông cũng đóng góp với lời phát biểu đầy cảm động được ghi nhận:

"Tôi có mấy nhời thay mặt cả hàng giáo sĩ cảm ơn Ủy ban đã có lời mời chúng tôi đến dự Tuần lễ Vàng này. Thật như bài diễn văn chúng tôi ai nấy vừa nghe. Ai là người có vàng lúc này không nên ẩn giấu, phải đưa ra để chung nhau đắp nền độc lập cho Tổ quốc… Phần tôi khi thụ phong giám mục, có một đấng biếu tôi Thánh giá này và dây đeo thực là vàng. Nhưng tôi nghĩ, người đời trên có giời che, dưới có đất chở. Trên phải phụng sự Thiên Chúa, dưới cũng không quên Tổ quốc. Vậy trong lúc này, tôi cũng vui lòng chia của quý này làm hai. Thánh giá tôi giữ lấy để phụng sự Thiên Chúa, dây đeo tôi để phụng sự quốc gia".[3]

Trong buổi lễ tấn phong Giám mục Phát Diệm ngày 28 tháng 10 năm 1945 cho giám mục Tađêô Lê Hữu Từ, ông đã phát biểu:

"Cho tới nay, nước Việt Nam đã có bốn người được phong giám mục. Điều lý thú là mỗi người đều mang họ một anh hùng dân tộc. Đức cha Nguyễn Bá Tòng mang họ vị anh hùng Nguyễn Huệ. Kế đến Đức cha Ngô Đình Thục mang họ Ngô Quyền. Hôm nay Đức cha Lê Hữu Từ mang họ Lê Lợi. Còn tôi mang họ... Chủ tịch Hồ Chí Minh".[4]

Ngày 8 tháng 9 năm 1946, ông cho lập dòng tu Chị em con Đức Mẹ Mân côi Bùi Chu (còn gọi là Dòng Nữ Ðức Mẹ Mân côi).

Ngày 27 tháng 11 năm 1948, ông qua đời sau 13 năm cai quản Hạt Đại diện Bùi Chu, hưởng thọ 72 tuổi và được an táng tại nhà thờ chính tòa Bùi Chu. Khi hay tin ông qua đời, Chủ tịch Hồ Chí Minh gửi điện văn chia buồn cho giáo dân thuộc Hạt Đại diện Tông Tòa Bùi Chu: "Tôi rất lấy làm đau đớn được tin Đức giám mục Hồ Ngọc Cẩn đã từ trần. Tiếc rằng vì chiến sự, tôi không thể về dự đám tang của Đức giám mục, tôi nhờ Uỷ ban kháng chiến hành chính Liên khu III thay mặt tôi đến dự lễ và chia buồn cùng đồng bào Công giáo địa phận Bùi Chu".[5]

Trong dịp lễ tang ông, có ông Nguyễn Văn Ninh, Chủ tịch Ủy ban kháng chiến tỉnh Nam Định với Xứ ủy thay mặt Hồ Chủ tịch cùng các cơ quan chính quyền địa phương, chính quyền còn cử một đội quân danh dự túc trực bên linh cữu của Giám mục. Về phía Phật giáo có đại biểu Thượng tọa Thích Bảo Long cùng nhiều vị tăng ni Phật tử tới tham dự thánh lễ tiễn đưa Giám mục về nơi an nghỉ cuối cùng. Thi hài Giám mục an táng tại Nhà thờ chính tòa Bùi Chu